De dagelijkse leiding van Bakkenist wordt gevoerd door de directie.
Bakkenist wordt bijgestaan door de Raad van Advies. Deze heeft een algemeen adviserende taak en geeft op diverse onderwerpen inhoudelijke adviezen.
De directie wordt gevormd door:
Lucas van Meer, Voorzitter
Pieter Eshuis
Jan Jonker
Joop Sistermans is voormalig lid van de Groepsraad en Executive Vice President van Akzo Nobel, verantwoordelijk voor Strategie en Technologie. Op dit moment is Sistermans onder andere voorzitter van Adviesraad voor het Wetenschaps- en Technologiebeleid (AWT). Hij vervult nevenfuncties bij:
Lid Nationaal Innovatie Platform
Lid Strategische Advies Commissie, SAC, Ministerie van Economische Zaken
Lid Raad van Toezicht Universiteit Twente
Voorzitter Raad van Toezicht STG/Health Management Forum
Kees van Hee studeerde wiskunde aan de Universiteit van Leiden en is aan de TU/e gepromoveerd. In zijn carriere is hij afwisselend management- en IT-consultant geweest evenals hoogleraar Informatica. Van 1994 tot 2004 was hij managing Partner bij Bakkenist Management Consultants en Deloitte Consultancy. In 1991-1992 was hij gasthoogleraar aan de University of Waterloo, Ontario. Van 1984 tot 1994 en wederom sinds 2004 is hij hoogleraar Informatica aan de TU/e.
Cees Pannekoek heeft een meer dan 45 jarige ervaring op het gebied van telecommunicatie en IT. Hij heeft diverse technische en commerciele functies bekleed bij KPN, Ericsson en Vodafone. Zijn aandacht ging hierbij altijd uit naar vernieuwingen op technologisch en commercieel gebied. Hij is direct betrokken geweest bij de liberalisatie van de telecom industrie. Hij was medeoprichter van Libertel (nu Vodafone). Op dit moment richt Pannekoek zich vooral op het stimuleren en begeleiden van startende ondernemingen in de ICT industrie.